С 1721 года по конец XVIII в. территория Лопухинского сада называлась Аптекарским огородом. После распределения имущества сибирского губернатора М.П.Гагарина эта земля перешла в ведение Ботанического сада. Но по особому распоряжению Петра I именно здесь начиналось "отборное разведение трав и плодов в государственных интересах", или, говоря современным языком, селекция для стратегических нужд.
В данный период будущий Лопухинский сад был закрыт для доступа, и естественно, что его история обросла слухами и догадками. Так, считалось, что в разное время здесь пытались разводить чухонские грибы, или гейдовы грибы (согласно последним исследованиям — псилоцибиновые грибы, встречающиеся на Карельском перешейке), опиум (доставлен из Индии), коноплю и даже makaroni. Достоверно же известно, что здесь были грядки с табаком, женьшенем, картофелем, кокой, бешеными огурцами. оследние, нужно думать, планировались русскими царями как биологическое оружие XIX в.
С начала основания секретного огорода "заведующим" был назначен лапландский шаман. История сохранила его прозвище - "Вертун"; по предположениям специалистов, оно может происходить от финского слова "virt", "virta" и означать "водный поток". Династия этих шаманов обитала в дельте Невы задолго до прихода шведов. В обязанности Вертуна в числе прочего входило управление погодой: защита посевов от града и наводнений, создание необходимых климатических условий. Согласно секретным отчётам о работе (обнаружены в 2000-х годах в архивах Ботанического сада), селекция имела определённые успехи. В 1763 г. династия шаманов трагически оборвалась, и для продолжения работы руководство Ботанического сада было вынуждено обратиться к М.В.Ломоносову с заказом на бронированное стекло для теплиц, но Ломоносов не успел довести исследования до конца.
Во время правления Екатерины II стратегический огород постепенно приходил в упадок, хотя поначалу царица и интересовалась разработками и даже назначила (по наущению тогдашнего фаворита Г.Г.Орлова) смотрителем отставного штаб-лекаря А.Б.Морозова. Работа продолжалась несмотря на очевидное ухудшение условий, но ряд сильных дождей с градом летом 1787 г. уничтожил с таким трудом отобранные культуры. Выжили разве что клубни картофеля, но их культивацией уже никто не занимался, и дикий картофель рос здесь вплоть до того, как земля перешла к П.В.Лопухину.